Né à San Sebastian au Pays basque en 1963, Juan Pérez Agirregoikoa a suivi une formation d’arts plastiques à l’Université du Pays basque, puis à l’École nationale supérieure des beaux-arts de Paris parallèlement à des études de philosophie à l’université Paris-VIII et au Collège international de philosophie.
Juan Pérez Agirregoikoa vit et travaille à Paris et San Sebastian. Représenté par les galeries Carreras Mugica (Bilbao) et Clages Gallery (Cologne), il a participé aux expositions collectives « Populism » (Francfort, Amsterdam, Oslo, Vilnius, 2005) et « Urban realities » (Martin Gropius Bau, Berlin, 2005). Il était présent à la Sucrière pour la 9e Biennale de Lyon (2007), au musée Guggenheim de Bilbao pour l’exposition « Chacun à son gout », et a fait l’objet au MuHKA (Anvers, 2009) d’une exposition personnelle sobrement intitulée « Lonely at the top n°5 ».
En 2010, il a fait partie des invités du 31e Panorama d’art brésilien de São Paulo. En 2011, il a participé à la Biennale d’Anglet et a installé l’œuvre « An eye for an eye and a tooth for a tooth » au Passage souterrain (Paris). Le musée Reina-Sofia (Madrid) lui consacrera une exposition personnelle à l’automne 2012.
Depuis 2006, Juan Pérez Agirregoikoa collabore régulièrement avec les Éditions Matière. Ils ont conçu ensemble cinq ouvrages : Camarades, à présent je suis de droite (2005), Faible passion du réel / Le Théorisme, méthode de salut public (2006), Concert pour poing levé (2007), Citations pour le président Sarkozy (2009), Rééducation (2012).