Né à San Sebastian au Pays basque en 1963, Juan Pérez Agirregoikoa a suivi une formation d’arts plastiques à l’Université du Pays basque, puis à l’École nationale supérieure des beaux-arts de Paris parallèlement à des études de philosophie à l’université Paris-VIII et au Collège international de philosophie.
Juan Pérez Agirregoikoa vit à Paris et travaille à Arcueil. Mais c’est partout ailleurs qu’il est exposé et reconnu. Représenté par les galerie Carreras Mugica (Bilbao) et Clages Gallery (Cologne), il a participé aux expositions collectives « Populism » (Francfort, Amsterdam, Oslo, Vilnius, 2005) et « Urban realities » (Martin Gropius Bau, Berlin, 2005). Il était présent à la Sucrière pour la 9e Biennale de Lyon (2007), au musée Guggenheim de Bilbao pour l’exposition « Chacun à son gout », et a fait l’objet tout récemment au MuHKA (Anvers, 2009) d’une exposition personnelle sobrement intitulée « Lonely at the top n°4 ».
Enfin, il a été l’un des invités d’honneur du 31e Panorama d'art brésilien de São Paulo.