Né à San Sebastian au Pays Basque en 1963, Juan Pérez Agirregoikoa a suivi une formation d’arts plastiques à l’Université du Pays Basque, puis à l’École nationale supérieure des beaux‑arts à Paris parallèlement à des études de philosophie à l’université Paris‑VIII et au Collège international de philosophie.
Juan Pérez Agirregoikoa vit à Paris. Il peint, dessine, étudie les Séminaires de Lacan et fait la sieste à Arcueil.
Il est l’auteur en 2001 d’un premier ouvrage de quasi-bande dessinée intitulé Faible passion du réel (AAPM, Montreuil), placé sous la double tutelle du philosophe Alain Badiou et du psychanalyste Jacques Lacan.
En 2004, il a fait paraître aux éditions Arte sobre papel (Madrid) un recueil de dessins et d’aquarelles intitulé ¿Puede un heavy ser calvo? (Un heavy metal peut-il être chauve ?). En 2005, il a contribué avec 43 autres plasticiens à l’ouvrage collectif Armpit of the Mole (Fundación 30 km/s, Barcelone).
Il a participé récemment avec aquarelles et banderoles aux expositions collectives Populism (Francfort, Amsterdam, Oslo, Vilnius), Urban realities (Martin Gropius Bau, Berlin) et Figures (galerie La Ferronnerie, Paris). Il expose par ailleurs régulièrement depuis dix ans dans de nombreux musées et galeries basques, espagnols et argentins. Il est actuellement représenté par la galerie Salvador Díaz à Madrid.